EM발효제란 쌀겨를 주재료로 하여 EM으로 발효시킨 유기비료 또는 사료를 총칭한다.
밀폐용기를 이용하여 약30~35% 정도의 습도를 유지한 상태에서 발효시키는 것으로
발효기간은 2주 정도면 된다.
재료의 수분 상태에 따라서 EM원액과 당밀을 혼합시키는데,
보통 건조한 재료는 EM원액(활성액도 좋음)과 당밀 50배에서 100배 희석액을
재료에 적당 혼합하여 만들 수 있다.
재료의 수분상태가 높은 경우에는 전체 1% 정도를 이미 완성된 EM발효제 혹은
EM원액(활성액도 좋음)을 혼합하고 수분 조절을 위하여 쌀겨 등을 사용하는 것이 좋다.
그 외에 어분, 골분, 유박으로을 재료로 사용할 수 있다.