자연계에 존재하는 미생물들 중에서 유용한 방향으로 이끌어 가는 여러 미생물(광합성세균류, 유산균류, 효모균류 등)10속 80종을 복합시켜 배양한 미생물제제를 말한다.

1) 광합성세균류

혐기성균으로 환원력이 강한 상태에서는 유기물(아미노산 등)을 생성하고,  

산화력이 강한 상태에서는 유기물의 저 분자화를 통해 항산화 물질을 만들어 내는 핵심적인 미생물이다.

일반적으로 대기는 호기 상태에 놓여져 있고,

혐기상태가 주어진 경우에는 부패균에 눌려서 능력 발휘가 어렵다.

그러나 유용한 미생물들과 함께 존재할 때 그 능력이 잘 발휘된다.

이러한 능력을 발휘시켜 항산화력이 뛰어난 계를 만들어 낸다는 것이

EM의 know how이자 새로운  과학적 지식이다.

2) 유산균류

역사적으로는 징기스칸 시대에도 우유 발효에 이용되었던 미생물이다.

우리나라에서는 김치 및 젓갈의 발효에 이용되어온 낯익은 미생물이다.

유산균은 발효와 정균 작용을 한다.

유산 생성 미생물의 태반은 불용성 인산무기태를 상당한 수준까지 가용화 시키는 능력이 있다.

3) 효모균류

환경 적응력이 뛰어나 극저온에서부터 극고온 상태에 이르기까지 존재하는  균으로

광합성세균 다음으로 안정된 것으로 알려진 미생물군이다.

효모균은 알콜발효를 이끄는 균이자 각종 생리활성물질들(비타민, 식물호르몬 등)을 생성하여

생장촉진에 매우 효과가 있다.

이외에도 남조류군, 방선균류, 사상균류 계통의 유용한 미생물들이 사용된다.

다양한 자연환경에서 바람직한 활성을 나타내기 위하여서는 여러 미생물 중에서 선두 미생물들이 먼저 환경을 개선시키는 작용을 하고, 이어 항산화 작용, 합성작용, 질소고정 등 합성미생물들이 작용하게 되는 것이다.

이제까지의 미생물에 대한 연구들은 단종의 미생물을 중심으로 이루어져 왔다.

그러나 EM의 특징은 미생물들의 집단을 이용한다는 것과

호기성균과 혐기성균, 분해균과 합성균, 호염성와 비호염성 등이 공존할 수 있게 한 것으로

종래의 미생물학적 발상에서는 있을 수 없다고 여겼던 일인 것이다.